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如何下载基因集文件

时间:2021-09-29 13:48来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
这里教大家如何在GSEA上下载GO的数据集。

如何下载基因集文件

要下载基因集文件,我们需要进入GSEA官网,然后点击download进入数据下载界面(需要进行登录)



因为我们要下载数据集文件,所以我们往后找到数据集的下载,可以看到很多数据集,那我们怎么选呢?我们做的比较多的,一般是GO富集分析或者KEGG富集分析。如果我们需要做GO富集分析的话,我们就找到GO的区域,如图

我们一般的话就选择第一个,大家在选择的时候要注意,我们选择的所有的GO,当然有的学员他想做bp,cc或者mf的话,也可以选择对应的数据集。
里面每一种都有两个下载方式,这两个有什么区别呢?第一个的话就是我们根据我们的基因名字进行富集分析,然后第二个的话根据我们的基因id进行富集分析,我们一般选的话选择根据基因的名字进行富集分析,所以我们就选择第一个,如果我们要做KEGG的话,我们就在这里找到KEGG的数据集,同样是下载基因名字的数据。

最后右键右边的链接,直接将链接另存为到电脑指定位置,这样我们的基因集就下载好了。

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